关于GROMACS多肽与受体间氢键数据绘图问题

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发布时间: 2025-7-31 22:32

背景介绍：本人有一点R语言背景，在了解到Gromacs的XVG数据输出格式能用R打开后，写了一些处理xvg的基础脚本，比如RMSD，RMSF，氢键数目和时间关系等。在网上了解到有个R包叫MDplot，其能快捷绘制包括如图1的所 ...

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樊樊樊 发表于 Post on 2025-8-1 10:04:32

sobereva 发表于 2025-8-1 02:20
氢键存在性矩阵用gmx hbond的-hbm选项就能产生，都没必要用额外的工具

感谢Sob老师的回复，我成功搞定XPM和log文件啦，虽然还不是很完美，我晚上在研究一下，谢谢老师

樊樊樊 发表于 Post on 2025-8-1 10:03:26

student0618 发表于 2025-7-31 23:11
试试gmx hbond-legacy ?https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-hbond-legacy.html

感谢老师，我去看了legacy的相关命令，昨晚搞定啦

sobereva 发表于 Post on 2025-8-1 02:20:25

氢键存在性矩阵用gmx hbond的-hbm选项就能产生，都没必要用额外的工具

student0618 发表于 Post on 2025-7-31 23:11:40

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