Stardust0831 发表于 2026-1-14 15:46
尝试通过广义化内坐标(GIC)进行柔性扫描，把F拉离这个分子的几何中心。详见《详谈使用Gaussian做势能面扫 ...

好的，感谢老师！

nanokey 发表于 2026-1-14 10:04
老师您好，我现在想做一个柔性扫描看单电子转移过程中C-F断裂过程，期望是看到F-远去，但是我使用柔性扫描 ...

尝试通过广义化内坐标(GIC)进行柔性扫描，把F拉离这个分子的几何中心。详见《详谈使用Gaussian做势能面扫描》
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 0&fromuid=58653
(出处: 计算化学公社)
扫描前确保电荷和自旋多重度正确，我个人不推荐M06-2X+SMD用于柔性扫描和过渡态搜索等任务理由是格点精度要求高、计算耗时高、易出虚频。

老师您好，我现在想做一个柔性扫描看单电子转移过程中C-F断裂过程，期望是看到F-远去，但是我使用柔性扫描得不到预想的结果，想请您看看有什么问题

%chk=/home/PTFE6-scan.chk
#p opt=modredundant def2svp m062x scrf(SMD,solvent=THF)

Title Card Required

-1 2
C                 -0.64131100    0.16679800   -0.29131000
C                 -1.89641800   -0.60515100   -0.09766500
F                 -0.60613900    0.85888900   -1.43669300
F                 -1.77180700   -1.42890300    0.95869600
F                 -2.15100900   -1.38673400   -1.19158400
F                 -0.79474941    1.19469451    0.53316133
C                  0.65264900   -0.43138900    0.12432800
C                 -3.19275600    0.22999100    0.11668300
F                  0.79022500   -1.72532300   -0.32034800
F                  0.77550800   -0.50895500    1.46576000
F                 -4.25329500   -0.54525500   -0.13765500
F                 -3.23658400    1.26062700   -0.71491800
F                 -3.30826900    0.65202000    1.36045600
C                  1.87855600    0.34082900   -0.43720200
F                  1.73346900    1.65706100   -0.28502500
F                  2.00109700    0.06584100   -1.74441800
C                  3.22409600   -0.04304700    0.24052400
F                  3.38901500   -1.35739900    0.27151400
F                  3.28426700    0.42956700    1.47440300
F                  4.21695300    0.49092200   -0.46152500

1 6 S 20 0.05

非常感谢分享，困扰我几天的过渡态终于有指导方法了

luoxuping 发表于 2025-8-27 16:57
这个怎么做过渡态搜索，你是怎么做构象搜索的

实际操作中是给研究者关心的若干个键长（往往就是成键、断键对应的键）设置constraining potential，就是在运行crest的目录增加一个constrain.inp文件，此文件的格式可以参考 https://xtb-docs.readthedocs.io/ ... training-potentials 和运行“man 7 xcontrol”后的输出（得先加载GFN-xTB相应的module）中相关内容。然后在crest的命令中添加一项“--cinp constrain.inp”（参考 https://crest-lab.github.io/cres ... onstraining-options ）。

Hugo_314cat 发表于 2025-8-27 13:38
或许可以尝试拓展一下，让它能够去做过渡态的构象搜索？
以我的经验来看，xtb2是完全可以胜任这种任务的， ...

这个怎么做过渡态搜索，你是怎么做构象搜索的

或许可以尝试拓展一下，让它能够去做过渡态的构象搜索？
以我的经验来看，xtb2是完全可以胜任这种任务的，也成功帮我做了大量的过渡态构象搜索工作。如果能用简单脚本就可以实现的话就更好了。

你使用#p opt=(modredundant,nomicro) external='./xtb.sh'  做柔性扫描的时候，输出的.log文件Scan of Total Energy的能量在.log文件哪个位置的？

zxn1318 发表于 2025-8-19 15:46
老师您好，您找过渡态的思路是不是先做柔性扫描，找到极值，以此为初始结构，做过渡态优化呢，但我看到您的 ...

可以，键长过近/过远的情况是不被关心的，感兴趣的键长的部分收敛就可以。扫描的目的是为了拿到更精确的TS对应的键长+弛豫结构。

如果提前知道TS对应的键长大约是多少，也可以约束那个键的键长为猜的TS键长，先跑限制性优化，然后解除冻结跑TS。

当前结构不太好猜TS对应的键长是多长，所以需要柔性扫描扫一下断键过程，扫出第一个极大点就行。

老师您好，您找过渡态的思路是不是先做柔性扫描，找到极值，以此为初始结构，做过渡态优化呢，但我看到您的过渡态结构优化有一个条件没有收敛，这样也可以么，谢谢老师

有收获，有理有据，收藏了。