本帖最后由 317192424 于 2025-8-3 15:08 编辑 student0618 发表于 2025-8-3 00:19 老师好，这个是用autodocking vina得到的产物再进行MD的，affinity是-9.115 kcal/mol，结果用PLIP查看，发现配体的一个羟基与TYR-444和TRY-407分别形成3.6和3.7Å的氢键，另一个羟基与VAL-65形成4.0Å的氢键。 那我现在这种情况是需要再往后模拟一段时间吗？ |
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是复合物是实验结构还是docking出来再MD 的？ 也要检查附近残基和配体的相互作用再作判断，是有可能有多于一个稳定的binding mode的。 |
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