求助对由vmd生成的SDF图的优化

查看数: 94 | 评论数: 6 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2025-8-4 11:43

各位老师好，我的体系是Na2.9Sb0.95W0.05S3.95I0.05，首先我用cp2k跑了14ps产生了xyz轨迹，后在vmd中通过volmap工具生成了SDF图，如下图所示，显示了Na+在空间各点处的分布概率，但是我在想有没有办法对其进行进一步 ...

回复 Reply

19821838673 发表于 Post on 2025-8-4 17:38:37

sobereva 发表于 2025-8-4 17:36
volmap里直接可以设格点间距
volmap可以导出dx格式的格点数据文件，载入Multiwfn后，通过主功能13的选项 ...

感谢卢老师！我去操作下看看！

sobereva 发表于 Post on 2025-8-4 17:36:30

19821838673 发表于 2025-8-4 17:29
感谢卢老师的答复。请问后者应该如何实现呢？我目前只有cp2k生成xyz、restart文件等，之前有想过把.xyz文 ...

volmap里直接可以设格点间距
volmap可以导出dx格式的格点数据文件，载入Multiwfn后，通过主功能13的选项0可以导出cube文件

19821838673 发表于 Post on 2025-8-4 17:29:30

sobereva 发表于 2025-8-4 17:21
如果你嫌等值面不够光滑，跑更长的轨迹，以及尝试减小格点间距

感谢卢老师的答复。请问后者应该如何实现呢？我目前只有cp2k生成xyz、restart文件等，之前有想过把.xyz文件转成.cube文件，但是不知道具体怎么操作

sobereva 发表于 Post on 2025-8-4 17:21:05

如果你嫌等值面不够光滑，跑更长的轨迹，以及尝试减小格点间距

19821838673 发表于 Post on 2025-8-4 17:09:07

乐平发表于 2025-8-4 16:37
首先，你这两张截图哪一张你计算的？哪一张是文献的？

其次，这两张截图除了配色和 isosurface 的数值不 ...

谢谢您的回复。标示（b)图的是我自己做的，标示C的两幅图是文献图片，（b）是我在vmd中做的，但是感觉等值面形状有些奇怪，但是不太知道怎么去优化，希望老师可以指点一下

乐平 发表于 Post on 2025-8-4 16:37:27

首先，你这两张截图哪一张你计算的？哪一张是文献的？

其次，这两张截图除了配色和 isosurface 的数值不同，在我看来也没有什么明显的差别……

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register