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求助用gromacs命令gmx density算密度分布得到的结果是三维还是二维的？

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gaochangcheng

发布时间: 2025-8-4 18:45

正文摘要:

这是我用的gromacs命令：gmx density -f md.xtc -s md.tpr -d z -o density.xvg -dens mass -ng 2 -symm -sl 500，得到了氮气，铁体系的二者密度分布，我的问题是：铁是一个实心颗粒，氮气是不可能进入铁颗粒内部的 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-8-5 02:06:55

当前根本不适合用gmx density
你得到的是不同的Z值的XY截面上的密度分布曲线，根本不适合描述这种体系的结构特征
描述这种体系由内到外的粒子分布特征需要自己写VMD tcl脚本，在北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里我就给了现成的分析例子

student0618 发表于 Post on 2025-8-4 19:29:41

本帖最后由 student0618 于 2025-8-4 19:38 编辑

看来你想算的是rdf不是density?
https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-rdf.html

你的gmx density 命令中的 -d z 指的就是沿z軸的density。
https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-density.html

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