Wxh18130507355 发表于 2025-8-7 12:12 gromacs目录/share/gromacs/top下的相应力场目录下 |
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sobereva 发表于 2025-8-6 23:36 sob老师，您说的AMBER力场目录下的forcefield.itp，这个网址可以麻烦您分享一下嘛，我没有找到 |
sobereva 发表于 2025-8-6 23:36 好滴！谢谢老师！ |
Wxh18130507355 发表于 2025-8-6 21:49 引用AMBER力场目录下的forcefield.itp（里面的nonbonded.itp里定义了Li+的atomtype），以及引用ions.itp |
sobereva 发表于 2025-8-5 22:23 老师您好，我看您说的http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ20这个网址中确实包含有Li+的itp文件，但是在itp里面没有LI+的atomtype参数，这个信息从哪里获取呀？ |
sobereva 发表于 2025-8-5 22:23 好滴，谢谢sobl老师！ |
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Li+不该用UFF力场。认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ20“FAQ 20：什么物质不适合用sobtop产生拓扑文件？” 1 VMD里用恰当的选择语句对representation进行设置，必定能显示出任何一个原子，仔细看 VMD里原子选择语句的语法和例子 http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html） 2 属于老生常谈的问题，认真看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8 |
| 别试图手写#求助帖#gromacs#这种标签，会扰乱论坛形象。给你去掉了，以后注意 |
Wxh18130507355 发表于 2025-8-5 15:44 我不是sob老师呀hhh 标题记得改掉“#求助帖#gromacs#”这种标签，不然一会sob老师看到了可能会说你 |
Stardust0831 发表于 2025-8-5 15:22 非常感谢sob老师的回答！我现在就去试试！ |
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本帖最后由 Stardust0831 于 2025-8-5 15:24 编辑 别自己在标题上写“#求助帖#gromacs#”这种标签。 阴离子和阳离子成对一起加到box里。一开始的box尽可能大一点，最后靠NPT来使体系密度合理；也可以分多批次加这些阴离子和阳离子对，不要一口气全加进去。 见http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ4 再顺带一提，在使用Packmol等程序构造离子液体凝聚相模型时，个人比较推荐把阴阳离子对作为一个整体来插入，而不建议阴、阳离子单独插入，否则产生的结构文件里可能恰好有的地方阳离子非常密集、有的地方阴离子非常密集。如果真出现了这种情况，模拟一开始，带相同电荷的离子间会产生强烈的静电互斥，可能造成动力学不稳定甚至崩溃。而阴阳离子作为一对来插入的话，至少保证了每个离子旁边有个相反电荷的离子，不至于出现局部静电互斥特别大的情况。别忘了top里的[ molecules ]字段中离子出现顺序要和结构文件里相一致。 |
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