gromacs在做退火模拟时不同的续算命令运行结果有问题是为什么？

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发布时间: 2025-8-10 20:31

本帖最后由 lts！于 2025-9-3 15:43 编辑我在做200个小分子的平衡态模拟，首先在650K下NPT了60ns后达到平衡，然后进行退火模拟。以下是我的mdp文件 integrator ...

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lts！ 发表于 Post on 2025-8-12 10:29:37

student0618 发表于 2025-8-11 18:07
所以这边不应用-cpi 续跑

通常是在跑同一任务断掉才会用

哦哦好的！

student0618 发表于 Post on 2025-8-11 18:07:12

所以这边不应用-cpi 续跑

通常是在跑同一任务断掉才会用

lts！ 发表于 Post on 2025-8-11 16:55:56

student0618 发表于 2025-8-11 13:36
npt.cpt timestamp是60000ps开始

cool.mdp 60000ps 是300K

我也试过给这次任务的时间全部加上60000，变成60000,61000，...，但是这样的话，必须得把60000变成0，然后变成0,61000,62000，才可以算，不然他会报错First time point for annealing > init_t.

student0618 发表于 Post on 2025-8-11 13:36:54

npt.cpt timestamp是60000ps开始

cool.mdp 60000ps 是300K

这当然会停在300K

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