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金属蛋白构建簇模结构冻结选择

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小老弟

发布时间: 2025-8-12 11:25

正文摘要:

本人是分子动力学小白，目前在按照卢老师的文章（http://sobereva.com/597）和（http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ7）进行时学习使用sobtop构建簇模型，其中在选择骨架结构进行冻结时有些疑惑，想请大佬们解惑！ ...

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18217265596 发表于 Post on 7 hour ago

1、看算力算力充足的话可以保留完整残基并且只冻结骨架上的CA,C,N，不充足自己抉择。
算力充分甚至可以多保留几个aa，然后远的aa用半经验，近的用dft，这样充分考虑优化时其它aa的影响（但实际上没必要）
2，http://sobereva.com/404（http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html）

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