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能量最小化无法收敛

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Wxh18130507355

发布时间: 2025-8-12 12:04

正文摘要:

sob老师及各位前辈你们好，我是一个计算刚入门的小白，目前在使用gromacs对电解液体系进行能量最小化遇到了一些问题，希望能够得到sob老师以及各位前辈的帮助，我的电解液体系是使用packmol构建的（其中含有260个四 ...

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spinel 发表于 Post on 4 hour ago

Wxh18130507355 发表于 2025-8-12 15:52
明白了，谢谢前辈！还想请问前辈，第一张图中的warning:由于截断方案是velvet从而移除所有电荷组，包括Ex ...

没有报错error的话可以先试着接着往下做

Wxh18130507355 发表于 Post on 4 hour ago

spinel 发表于 2025-8-12 15:36
1.不需要写Li的atomype，正确直接引用ions.itp即可。2.GAFF和amber兼容，引用amber的力场即可。

明白了，谢谢前辈！还想请问前辈，第一张图中的warning:由于截断方案是velvet从而移除所有电荷组，包括Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'THP'
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'F2No4S2-'
Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'Li'
Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'No3-'
这些都是可忽略的吗

spinel 发表于 Post on 4 hour ago

Wxh18130507355 发表于 2025-8-12 15:18
好滴前辈，请问前辈Li的atomtype在哪里能够找到呀，GAFF力场的引用是在top文件中引用#include "amber99sb ...

1.不需要写Li的atomype，正确直接引用ions.itp即可。2.GAFF和amber兼容，引用amber的力场即可。

Wxh18130507355 发表于 Post on 4 hour ago

spinel 发表于 2025-8-12 13:08
Li离子应该直接引用gromacs自带的力场文件中对应的ions文件，另外，你用的是GAFF力场，但是top文件中用的是 ...

好滴前辈，请问前辈Li的atomtype在哪里能够找到呀，GAFF力场的引用是在top文件中引用#include "amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp"吗，我在gromacs的share/top目录下没有发现GAFF力场的相关文件

spinel 发表于 Post on 7 hour ago

Li离子应该直接引用gromacs自带的力场文件中对应的ions文件，另外，你用的是GAFF力场，但是top文件中用的是OPLS-AA力场

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