我想在体系内添加一定的离子（KMLCA等），但amber99.ff下ions.itp没有原子类型

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发布时间: 2025-8-12 17:25

各位大大，我的体系是分子在竞争环境下模拟铀离子吸附，现在准备添加一定数目的K,Mg，Ca等离子，但是我查看amber99.ff下的ions.itp文件，发现并没有atomtypes，因此导致报错ERROR 1 [file Ca.itp, line 7]: Atomtype ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-8-13 17:23:54

苏烟流光发表于 2025-8-13 15:29
感谢sob老师的答疑，那老师如果我想在体系里加入一定了UO22+离子，但这种离子似乎需要自行定义，是否可以 ...

可以

苏烟流光 发表于 Post on 2025-8-13 15:29:27

sobereva 发表于 2025-8-13 00:00
ions.itp里涉及的原子的atomtype的定义在AMBER力场目录下的ffnonbonded.itp，你引用AMBER力场目录的forcefi ...

感谢sob老师的答疑，那老师如果我想在体系里加入一定了UO22+离子，但这种离子似乎需要自行定义，是否可以使用sobtop生成相应的参数呢

sobereva 发表于 Post on 2025-8-13 00:00:07

ions.itp里涉及的原子的atomtype的定义在AMBER力场目录下的ffnonbonded.itp，你引用AMBER力场目录的forcefield.itp自然就对它们有定义了

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