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求助：配体限制文件中的索引序号

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crush

发布时间: 2025-8-13 15:23

正文摘要:

我想做一个蛋白-小分子体系的拓扑文件跑动力学，蛋白拓扑用gromacs做，小分子从蛋白中提取出来用高斯算能量，Multiwfn_3.8拟合RESP电荷，Sobtop制作拓扑但是Sobtop出来的小分子拓扑中原子索引是1开始的，而我的复 ...

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crush 发表于 Post on 2025-8-14 08:39:08

sobereva 发表于 2025-8-13 17:20
[ position_restraint ]是对于你当前这个[ moleculetype ]而言的，既然这个[ moleculetype ]里[ atoms ]从1 ...

明白了，谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2025-8-13 17:20:53

[ position_restraint ]是对于你当前这个[ moleculetype ]而言的，既然这个[ moleculetype ]里[ atoms ]从1开始，自然[ position_restraint ]里的序号就必须从1开始
要明白[ position_restraint ]不是全局字段，而是[ moleculetype ]里的字段。这跟结构文件里的原子序号毫无关系

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