GROMACS轨迹周期性边界可视化处理

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发布时间: 2025-8-13 21:48

我的体系是两百个有机共轭分子，模拟完后我先用gmx trjconv ... -pbc mol得到了预处理后的xtc文件，用python脚本基于轨迹信息对整个体系进行了ππ堆积网络的分析（标红高亮的分子即满足两两分子间大共轭堆积），在 ...

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lts！ 发表于 Post on yesterday 22:59

student0618 发表于 2025-8-13 22:29
1. gmx trjconv -pbc cluster
2. 灰色部分换透明材质渲染

谢谢！我试一下！

student0618 发表于 Post on yesterday 22:29

1. gmx trjconv -pbc cluster
2. 灰色部分换透明材质渲染

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