sobereva 发表于 2025-8-14 03:50 好的，下次会注意，感谢老师指导！因为想搜索溶质分子在溶剂环境下的稳定构象，不知道是不是会有单分子真空下跑不出来的构象，所以就搭建了溶剂盒子 |
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别自己在标题里手写[Material Studio]这种标签，这次给你去掉了，以后注意 我不知道你的实际目的是什么，如果是为了做单分子的构象搜索，根本不需要跑这种液体盒子体系，直接按下文方式跑动力学就完了 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html 或者用M$跑单分子的动力学也行 将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法 http://sobereva.com/143 |
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