计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 能量最小化后NVT 升温初始步 LINCS 崩溃（madrid 2019的 ...

能量最小化后NVT 升温初始步 LINCS 崩溃（madrid 2019的H3O+体系，CUDA error #700）

查看数: 64 | 评论数: 1 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

kogareru1z

发布时间: 2025-8-14 03:29

正文摘要:

我在对纯H3O+体系进行nvt升温测试时模拟崩溃。我首先进行了能量最小化，log显示如下： NOTE 1 [file init.top, line 14]: System has non-zero total charge: 8.500000 Total charge sho ...

回复 Reply

kogareru1z 发表于 Post on yesterday 09:34

再次测试发现，将constraint_algorithm = LINCS 改为 SHAKE，nvt模拟不再报错，查看最后生成的结构文件，H3O+也保持刚体；这是否是lincs的算法bug？查看官方文档发现lincs算法似乎不能与角度约束一起使用？这里约束三对H-H距离是否就变相等于约束了HOH角度从而导致模拟崩溃？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register