求助：小分子RMSD曲线跳跃

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发布时间: 2025-8-14 09:27

我使用Gromacs模拟了50ns的蛋白小分子复合物，任务正常结束后计算体系的RMSD，蛋白的RMSD还算平稳，但是小分子的RMSD发生了跳跃，我用 -pbc nojump 和 mol 都试了之后小分子的RMSD依然是跳跃，看了轨迹之 ...

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sobereva 发表于 Post on yesterday 20:33

认真看下文里RMSD部分，该说的都说了。结合VMD显示的轨迹图像看，显示出盒子，自然知道怎么回事
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627（http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html）

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