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关于磷脂双分子层的拓扑文件问题

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xsc6

发布时间: 2025-8-14 23:12

正文摘要:

本帖最后由 xsc6 于 2025-8-15 00:22 编辑各位老师好，我想构建一个磷脂双分子层来跑MD，后续也会进一步插入一些分子，目前我用到的磷脂分子是PSPG（见下图），我想寻找这个磷脂的力场参数，但是没有找到，目前 ...

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xsc6 发表于 Post on 4 hour ago

sobereva 发表于 2025-8-14 23:22
没有叫soptop的东西

AMBER力场和AMBER程序完全是两码事，GROMACS显然可以用AMBER力场

（1）非常抱歉sob老师，手抖了打快了，已更正
（2）我的表达不清，这篇文献作者应该是amber跑的，作者在补充材料上传了lipid21的参数集，看的有点晕不知道如何拿来使用
3感谢分享，已经在其中找到了想用的磷脂，万分感谢

sobereva 发表于 Post on yesterday 23:22

没有叫soptop的东西

AMBER力场和AMBER程序完全是两码事，GROMACS显然可以用AMBER力场

本论坛里都有人分享过Lipid力场用于GROMACS的拓扑文件：
AMBER19SB蛋白质参数 + 磷酸化残基phosaa 19SB参数 + OL21 DNA参数 + OL3 RNA参数 + Lipid 17磷脂参数及拉直的磷脂结构文件
http://bbs.keinsci.com/thread-54094-1-1.html

对于没有现成的专门拓扑文件的磷脂，再试图用sobtop产生拓扑文件

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