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可生成任意聚合度线形聚合物结构、拓扑以及电荷的在线程序

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发布时间: 2025-8-18 12:20

正文摘要:

本帖最后由 王纪峰 于 2025-8-23 12:07 编辑 摘要:在含有聚合物的分子动力学模拟中,用户常常面临着高聚合度的聚合物结构搭建复杂,原子电荷赋予困难,难以构建非均聚物等问题。在这里,我们提出了一种基于原子 ...

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archer 发表于 Post on 2025-12-12 11:32:41
进入网页,为什么点击不了generate polymer
yuzc 发表于 Post on 2025-12-5 14:14:48
王博,太好用了。诸如CMC-阴离子,聚离子液体等结构的无规共聚也能完全重现出所需要的partial charge。对称共轭位置上也是相等的电荷和同样的力场类型。
此外我完全同意楼上的一个建议,就是给出选项不计算电荷或给出快速的MMFF94电荷,同时保留RESP电荷计算时的大基组,高标准高精度。

202512051414443509..png (11.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

202512051414443509..png
白也 发表于 Post on 2025-11-3 16:19:19
今天简单使用了一下,挺不错,有几个问题和建议:
1. 今天试的两个例子均出现了原子净电荷不为0的问题,1400左右原子大概会有5个电荷的偏差;
2. 可以添加个选项,不进行原子电荷计算,只输出结构(考虑到有些用户可能只需要结构),这样会降低不必要的机时消耗;
3. 考虑到聚合物这么大的体系,体系优化也没必要使用6-311G**这么大的基组,一般的6-31g*其实就可以,orca中的B97-3c方法是一个很好的选择,或者是xtb的GFN0-xTB方法。
最后,感谢大佬耗费精力做的网页
牧生 发表于 Post on 2025-10-20 08:59:36
本帖最后由 牧生 于 2025-10-20 09:06 编辑

gAAAAABo9YWvPKeeu0Woyjb1k5FG9gSi9scycKWyiETrnhqI_D5CUeEZ7h49TszCUccE1tmLRQn5j89Y8tyYpPIbVO6IWRjmz8J0KUvalfOBbFvlFJv4LYdjFl9jDubYh0RqBm8MGKZbZ7GoW1RpkBDT1-HE6J49H5lupV0mL9xUYplSSNNyYLizJ-7iCAQHEPeFNsX378V*So9rm8K3XC6AyZyQL9OWlYm_z6j1_arJcz13-oBgKAKXPRBPT1CPZjq_lFzAYAC-oGBD4olrSbOcFhyRhvKBi_ZOKbjVlzLUw7fSlzG6wZENRJEeJr5Z0C8yfTCpMtKHBIpKWuLCELOs6GLZDoycAaF1k_KGUM8_3A7H9IhP-uwPEpKnr-fL6118suHWf0itGCmUpPAMrvCPuCMmevduo8-VcKpeaJB_An2eqv7AvNiJgkYSMRlzh0PujbSCv8Ue


请帮忙看一下,近日发现生成的聚合物的总电荷不太对劲。。

如上是我用9个不带电的丙烯酰胺和带1个带-1电荷的丙烯酸得到的无规聚合物,但是得到的总电荷为 +7.460962
zhouhaifan 发表于 Post on 2025-10-10 17:02:24
Xexhauster 发表于 2025-10-9 17:20
求助 status显示success后,下载的all_results.zip里是空的,这是为什么
gAAAAABo53PsIAsBSiZgcwmhXKarzCL ...

我也是今天下午提交的,状态显示成功了,但是下载出来显示是一个空的
Xexhauster 发表于 Post on 2025-10-9 17:20:05
求助 status显示success后,下载的all_results.zip里是空的,这是为什么
gAAAAABo53PsIAsBSiZgcwmhXKarzCLdX5Y288tU3hV4VL4lqQ5qQ1ax_9_k4mFZDN8x4aGk5ZYf5YpVmnsOIbwBVEyic0hpe7Uf6DorAloKo_q1E7cXRUBzTc8s-eVlEIz30AH-GTmi1J3AWDb7y7PFsQ1gA8vWbUboYU2sVu0X9kSUDYJY29LDhAXWBTg8NnbInS1i91IupHB1BSjvW7NRmGUzHYMM_Qp8eJhwgYQyQCjZNnQDDfTDRjW7M4yZIk7l9Hq5oFEQ3cHEUcabZ93MinP3nOwiqwZHLL0wtVRza8mls7fr7C3GYB1HQNvzJHcE9jTSb81cGQBP2f1LerMuX0NIXcNulJVx1x4wnT42vf0z0R_URe3B77wCsIzg5QULGCna6BZvV-x4dS3ITOCO80D-irho5tGXCjPuE_i6M72WkVKOQD8=
milk_q 发表于 Post on 2025-9-25 20:56:08
求助一下,我的taskIDgAAAAABoypz9Mwgn8atgRX9YmKL0afOtvxQHWumwamrKuZgsil3hXFZaHCNnAhwGNP9NCULt3vicJV2H4AllWIr5J-ltoX495HuYKKlvSD8abpEgzCk4eRqaANlIuhnh_Cmk-LZ-PAVwNKGN_PJBTqqSmU6PFvo_YJhmYc5bci9FH3hjTkR03xEJ92AnbbFZQe1OnDVJjJm4Ik9C3pDNaqhOV_vgwFwco3ESvyrztrVwxbzwoUD2Kufkz6pO-YMYBRmO2EArrub18uRFSqMXESgATV-XEE811MyXxb8IMIssyKjNBWPEpwoL6QauByn4mdM-JS4k5BkZ7_6Mgbf2HVkwwqvLzgd5GDLqwrxyWDkCyWtb6RyRr3p4UHoSIdKqmMYBukjB5w808M8Qk-PnseJCqy73oxNHBg3C3TgL6p45LJ_syP7c7G_8oX5iOrRx3v25TcRUpZBU,9.17的,还是显示Task is still processing. Please check again later.是怎么回事
牧生 发表于 Post on 2025-9-13 14:55:01
本帖最后由 牧生 于 2025-9-13 14:57 编辑

gAAAAABoxQ1i4DcWFWyuLdqYnqomWRpp7IZxOPFpV5GuM_nL9paGf6Obkp9Tb0BBN8aH_i5XKOQGO_3ZBmhuveV_WuYxnJxM9eCBiDljq-YUhY4R1JE-nRCynyOFzSReb2MbcVDFiygwI82F1_rs4X7PllxgVh7fMvVy0LrSxjmSFdZgTITRr6rMGHBbGEcUUmh4-FT6lsUPmICE0toLBtiUTnaE0ivz4nFbYa2HMg_iCscjxRsfsiwd17fj20355lKC9_HLusSYPr4CwZPkL9hAGje9PAl9s6MGQ28Tyb51bBIYw0wfHOuSJ0bn2qrdzNDxO8OwimMF_Gw09iYyMx4nR59GK87pcqliPpI4KLD1lX80Rai9nlBkDvFrdW4-a5YBiVBZUTCRM4d-GnidalzXPCQjUcyd3w_f1nJFIjX9UB1R1G-zxSh0JWT3aBqhSw3Umxwg7S02


请帮我看一下这个嵌段聚合物,是PEG和甲基丙烯酸二甲胺乙酯的嵌段物,但是最终的总电荷不为0,这是为什么呢

如果重复单元数更多,将导致电荷偏离0更多。
ljh123 发表于 Post on 2025-9-1 19:43:23
期待适配lammps
2788155831 发表于 Post on 2025-9-1 09:36:50
王纪峰 发表于 2025-8-29 16:09
麻烦发一下任务ID号哈,需要ID号才能定位有问题的任务

不好意思哈, 任务ID是gAAAAABor8ESM8Ti9PLbew1bpwBowA71DnsD_h5g6kQiE5SKYUonG9JyAUpAnjGv01_EbcgWT22-1qhLaHAfzoAhYHmkbdP-_rhhCij3ZbBXwd7odrc3yelKnJvA9UrQ9EQiOoE2zhaVHqnzGC7JsiRdZEq7Qm5s9EteUWzEOgJI1MEaE8Ho8BzAEa6GvfqleePIYitv_v1fdL23cIuk7qLSRBV3iLpTZTLTGQ7oobvD7gJJcjSlDGVtZU9iiltdhEOjiK5zdrM7Cm8AtfOCpk6snkJKDrO2P5w7Vk-7m5KpyUG8biPpuDeeVmDXt2U-kObO5akDwnRbFV5CRcoBo7ky7OVVAunaBLOR3I6246xAYya8QQkfY0gnurPH-x3JOU4QYEtGDDe2P3F4RxTBSzCXeijxWrsk3-uL8JK9SXluHuL9CvS7X-c=
王纪峰 发表于 Post on 2025-8-30 20:11:56
牧生 发表于 2025-8-30 10:53
现在返回的所有的分子,都叫做MOL。能不能把每个不同种类的单元,自己去指定一个残基名,比如丙烯酰胺和丙 ...

可以的,这个从算法上来说不难修改,近期就会修改,上线了通知您一声。
牧生 发表于 Post on 2025-8-30 10:53:11
现在返回的所有的分子,都叫做MOL。能不能把每个不同种类的单元,自己去指定一个残基名,比如丙烯酰胺和丙烯酸共聚物,可以让我指定让残基名叫做PAM和PAA,而不是统一都叫做MOL。
王纪峰 发表于 Post on 2025-8-29 16:09:51
2788155831 发表于 2025-8-28 11:57
大佬,请问这是什么问题呢
SMILES:CC(C(OCCOP(OCC[N+](C)(C)C)([O-])=O)=O)(
  • )C
  • ,均聚, 聚合度10,名称 ...

  • 麻烦发一下任务ID号哈,需要ID号才能定位有问题的任务
    王纪峰 发表于 Post on 2025-8-29 16:08:56
    sarphuart 发表于 2025-8-28 12:39
    请问羧基带电均聚物能生成带整数电荷的拓扑文件吗

    完全可以的,程序设计之初完全考虑了带电问题,您只需要在chemdraw中绘制带电位点然后转化为PSMILES即可

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