nvt平衡成功，但是运行就停止

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发布时间: 2025-8-20 16:27

能量最小化已经成功了，没有报错和警告，nvt平衡时也是这样，但是到了mdrun 时就停止了，我是把原来的2fs的步长改成了1fs，跑到了23步，不然之前只是跑了1步后来我把约束改成了SHAKE，依然是停止（还是1fs）停 ...

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moiraaa 发表于 Post on 2025-8-31 13:26:06

好的，谢谢大家的建议。我重新试试

13277552957 发表于 Post on 2025-8-21 16:19:34

遇到过类似问题，一般都是小分子结构优化没做好导致的。小分子内能量过高，需要先确保小分子结构正确

sobereva 发表于 Post on 2025-8-21 06:13:24

老生常谈的问题，仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

并且推荐用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF力场的拓扑文件

RESP电荷是给AMBER/GAFF用的，根本不该结合OPLS-AA

student0618 发表于 Post on 2025-8-20 20:15:17

看轨迹是哪个分子先出问题。

方方方 发表于 Post on 2025-8-20 18:50:52

报错很明显，扭转角度过大，要不试试用更小的时间步长，要不就是把结构弄更松一些

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