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发布时间: 2025-8-21 10:21

本帖最后由。。。于 2026-2-27 10:37 编辑各位老师好，我最近计算一个COF体系，然后使用sobtop来生成itp和top文件，但是会警告“Warning: atom type of N6 (ne) and C9 (ce) may be ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-8-23 01:39:26

。。。发表于 2025-8-22 11:33
好的，感谢社长。不过社长我现在有这个COF的重复单元，我之前是直接扩胞后，截取了其中一个孔道，因为这 ...

不要截取。直接用原本的晶胞信息作为模拟时的盒子信息

。。。 发表于 Post on 2025-8-22 11:33:35

sobereva 发表于 2025-8-22 03:38
你的体系里有一堆离散的HgCl2，没法直接用sobtop产生拓扑文件。并且当前的盒子信息完全是随意的，无论哪个 ...

好的，感谢社长。不过社长我现在有这个COF的重复单元，我之前是直接扩胞后，截取了其中一个孔道，因为这个盒子是倾斜的，所以我就直接把它放置到一个立方盒子中，这样看的确把体系变成孤立的。想请教社长，要怎么才能构建周期性的体系呢，因为完全没有接触过COF，所以真的不知道该怎么弄。

TP-AA-fine.cif (19.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

sobereva 发表于 Post on 2025-8-22 03:38:24

你的体系里有一堆离散的HgCl2，没法直接用sobtop产生拓扑文件。并且当前的盒子信息完全是随意的，无论哪个方向都不满足周期性，本来是周期性的体系当成孤立体系模拟不变形才怪。

仔细看sobtop主页上MOF的例子（http://sobereva.com/soft/Sobtop/#ex10）和相关讨论

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