使用CGenFF力场模拟含氯小分子时孤对电子参数设置与速度失控问题如何解决？

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发布时间: 2025-8-26 16:42

各位老师好，我在模拟含氯小分子时遇到一些问题，想请教有相关经验的老师如何正确建模和处理参数： 1文件生成与可视化问题：从CGenFF官网获取参数后，使用VMD 1.9.4的ff ...

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student0618 发表于 Post on 2025-8-27 12:51:00

gmx 也可以用virtual site, cgenff 网页可以直接转换成GROMACS 格式。

chenjinfeng850 发表于 Post on 2025-8-27 11:58:36

如果要用CGenFF模拟这种带lone pair的小分子，建议用CHARMM或者OpenMM跑MD。
查了一下NAMD似乎不支持这种lone pair (https://www.ks.uiuc.edu/Research ... 2019-2020/0309.html)

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