student0618 发表于 2025-8-28 22:58
机会是disk出现问题，先尽快备份再排查。

好的好的，谢谢老师

风沙 发表于 2025-8-28 22:07
谢谢老师的回复。好的，我去掉居中试试。
1.因为想用RMSD的波动来判断体系什么时候平衡，然后截取平衡后 ...

机会是disk出现问题，先尽快备份再排查。

beyond 发表于 2025-8-28 21:18
体系是五条聚合物，居中要求很难达到，建议去掉试试，RMSD的计算，也没有太多的意义。
Gromacs的PBC校正， ...

谢谢老师的回复。好的，我去掉居中试试。
1.因为想用RMSD的波动来判断体系什么时候平衡，然后截取平衡后的轨迹去计算相互作用能；不过之前跑成功的机组体系的RMSD图波动比较大，数值也大，有些甚至都截不出平衡轨迹
2.rerun时有一些mdp设置高版本gromacs不支持
3.现在能判断轨迹损坏了，但是不知道是什么原因造成的，怎么解决；因为之前相同用相同的操作、处理方式跑的类似体系都没问题，现在不知道该如何解决

体系是五条聚合物，居中要求很难达到，建议去掉试试，RMSD的计算，也没有太多的意义。
Gromacs的PBC校正，有些麻烦。。。。rerun的时候，为啥不用同版本的2025.2？

轨迹有没有损坏，最直接有效的，就是VMD打开看看，要是损坏了，一般里面就显示一个点，或者什么都没有。。。

风沙 发表于 2025-8-27 14:41
第一次是居中组选择1（除水以外的体系），第二次输出组选择0（整个体系），这应该是没问题的，我还做了其 ...

哦 第一次选的是居中组 我看错了
居中组的时候cluster一下试试？

student0618 发表于 2025-8-28 10:32
gmx check 轨迹文件能读吗？

可以的老师，就很奇怪

gmx check 轨迹文件能读吗？

pal 发表于 2025-8-27 16:53
看一下log文件有没有正常结束

老师您好，log文件末尾的截图我加到帖子里了，结尾有Finished mdrun应该是正常结束了吧，步数也没问题

看一下log文件有没有正常结束

KazusaT 发表于 2025-8-27 13:21
你第一次输出选择的是group 1，第二次又选择group 0

第一次是居中组选择1（除水以外的体系），第二次输出组选择0（整个体系），这应该是没问题的，我还做了其它药物分子和聚合物的模拟，轨迹后处理没报错，都是一样的操作

你第一次输出选择的是group 1，第二次又选择group 0