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发布时间: 2025-8-27 10:32
正文摘要:请教各位老师们，为什么我在计算脂质分子质心间的RDF的时候得到的数据在0-1nm范围内的数值很高，如图所示，我的目的是求取xy平面内脂质分子间的rdf，使用的命令是gmx rdf -f p1_md.xtc -s p1_md.tpr -o rdf.xvg -xy ... |
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请教各位老师，我在计算双层膜脂质分子间质心的rdf，希望计算上膜叶的rdf，通过将上膜叶的原子序号分为了一个组，因为上下膜叶的脂质分子的resname是相同的，所以我通过gmx rdf -f p1_md.xtc -s p1_md.tpr -o rdf.xvg -xy -n rdf.ndx -seltype whole_mol_com，然后选择参考和计算的都是上膜叶的组，以及-seltype whole_mol_com的方式，是否得到的就是上膜叶中各个脂质分子的质心的rdf？ 谢谢各位老师的解答！ |
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