|
发布时间: 2025-8-31 07:29
正文摘要:使用Multiwfn结合VMD绘制分子局部区域表面静电势的方法The way of plotting electrostatic potential for local region of molecular surface using Multiwfn in combination with VMD 文/Sobereva@北京科音 & ... |
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-8-31 09:20 基于三维空间的原子划分方法也可以用，但当前的方法是最省事的，而且不需要做可能较耗时的三维空间盆分析步骤，并且当前的表面划分方式就已经很得当了 |
|
这个思路和使用Multiwfn做Hirshfeld surface分析直观展现分子晶体和复合物中的相互作用（http://sobereva.com/701）提到的特定原子的局部接触分析挺类似，由于VMD只能完整显示格点数据等于某个isovalue的等值面而无法添加区域限制（除了同样影响原子显示的clipping plane），所以是用的主功能12做定量分子表面分析而不是主功能5计算格点数据。 之前我在这个回复提出的设想能否用在此处呢？也就是说，先用主功能5计算电子密度格点数据（记为A）和静电势格点数据（记为B），然后用主功能17做电子密度的盆分析导出“感兴趣的原子或片段的盆内值为1，不感兴趣的其他盆内值为0”的格点数据（记为C），把A和C用格点数据运算的功能相乘得到D，最后在VMD里显示D的等值面并按B着色，能不能实现类似此帖的效果呢？ |
手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图
GMT+8, 2026-1-24 08:14 , Processed in 0.176257 second(s), 27 queries , Gzip On.
组图打开中，请稍候......
收藏 Add to favorites