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MS模型在VMD中的显示错误

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发布时间: 2025-8-31 21:30

正文摘要:

本帖最后由 user_fu 于 2025-8-31 21:32 编辑 请教一下各位老师,我在用CP2K跑AIMD时,在Material Studio里面cif文件中水正常吸附在Fe原子上,但是用CP2K跑完AIMD后在VMD中查看xyz文件时发现,原本吸附在Fe上的原 ...

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user_fu 发表于 Post on 2025-9-1 09:15:45
好的谢谢老师,我还有一个问题就是,前面已经进行了一部分AIMD,那么此时调整盒子会不会对后续反应产生影响,导致与前面的结构不准,因为想要做一个对比。
pal 发表于 Post on 2025-9-1 09:01:15
应该是周期性边界条件,找到对应原子,在坐标上加减盒子的尺寸调整位置

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