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求助Parrinello-Rahman压浴和deform剪切模拟问题

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7243007036

发布时间: 2025-9-2 21:00

正文摘要:

跑了一个蛋白质配体复合物体系，使用Parrinello-Rahman压浴和deform模拟剪切流，在跑一段时间后会出现Pressure scaling more than 1%. This may mean your system is not yet equilibrated. Use of Parrinello-Rahma ...

回复 Reply

chunaizhanshi 发表于 Post on 2025-9-21 11:11:23

请问mdp怎么设置的，能发一个文件参考一下吗，我设置的z轴deform得到的应力应变曲线一直有问题

student0618 发表于 Post on 2025-9-2 22:13:42

7243007036 发表于 2025-9-2 21:48
谢谢回答，之前已经在相同体系用berendsen跑过不加deform的，是可以稳定跑完的，在RMSD在50ns可以稳定， ...

是。

7243007036 发表于 Post on 2025-9-2 21:48:44

student0618 发表于 2025-9-2 21:36
不稳定通常先换回berendsen压浴试试。

谢谢回答，之前已经在相同体系用berendsen跑过不加deform的，是可以稳定跑完的，在RMSD在50ns可以稳定，我理解的是是要跑一下施加deform但是在berendsen压浴下的吗

student0618 发表于 Post on 2025-9-2 21:36:16

不稳定通常先换回berendsen压浴试试。

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