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求助：怎么计算每个水的氢键数目

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巴普洛夫的狗

发布时间: 2025-9-3 13:29

正文摘要:

老师好，我想计算nafion体系里。每个水分子形成的氢键数目也就是类似与图1，如果使用gmx hbond -nhbdis的话会得到下面的一个截图，想请问一个水分子不是最多形成4个氢键吗，为什么图上显示最多只形成了三个氢键呢？t ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-9-4 19:11:04

注意看help里对-nhbdist的说明：
-nhbdist: compute the number of HBonds per hydrogen in order to compare
results to Raman Spectroscopy
这给你的是每个氢能形成的氢键数，而不是每个水能形成的氢键数。并且注意如果没写-nomerge，默认是把每个水的两个OH形成的氢键数合在一起算的。

巴普洛夫的狗 发表于 Post on 2025-9-4 12:14:11

本帖最后由巴普洛夫的狗于 2025-9-4 12:15 编辑

sobereva 发表于 2025-9-4 07:51
没统计形成四个氢键的情况不代表没法形成
诸如第一行，5722=2696+942*2+382*3

老师，我想画出图1的那种图，还需要统计形成4个氢键的情况，不知道该如何统计

巴普洛夫的狗 发表于 Post on 2025-9-4 12:12:25

sobereva 发表于 2025-9-4 07:51
没统计形成四个氢键的情况不代表没法形成
诸如第一行，5722=2696+942*2+382*3

不好意思老师，还是没有明白，那我该如何统计出形成4个氢键的情况呢？

sobereva 发表于 Post on 2025-9-4 07:51:03

没统计形成四个氢键的情况不代表没法形成
诸如第一行，5722=2696+942*2+382*3

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