如果非要用半经验级别的方法，还不如用xtb跑GFN-xTB，完全没有这些麻烦，如果要搜索过渡态，也可以Gaussian和xtb联用
将Gaussian与Grimme的xtb程序联用搜索过渡态、产生IRC、做振动分析
http://sobereva.com/421（http://bbs.keinsci.com/thread-10106-1-1.html）

算当前问题根本不需要牵扯AMBER程序，完全是走弯路。Gaussian照常优化极小点、过渡态，算自由能求差就完了
自由能的计算方式下文说了
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）

如果要追求计算精度，GFN-xTB或DFTB只适合预优化结构，最终的结构优化、振动分析和电子能量计算应当用DFT。当前体系规模没到DFT算不动的程度

Ye。 发表于 2025-9-4 21:19
我的老师想让我用amber做动力学模拟计算图片中多酸与甲烷反应的氢转移过程的自由能，这里需要amber调用Gaus ...

该反应发生在基态还是激发态，有没有如这个讨论帖6楼提到的特殊反应条件？预计反应是否涉及氧化还原，比如http://sobereva.com/626提到的氢原子或者氢负离子转移？（如果有电子转移的话，把钨的d电子隐式处理的赝势基组或者tight-binding方法多半不合理。）

这个[W10O32]4-的杂多酸离子是否在溶液环境中，用amber联用Gaussian是打算用QM/MM或者ONIOM之类把反应体系分层次描述么？计算反应自由能变不是一定需要分子动力学的增强采样类方法，也可以静态计算找出反应路径上极小点与过渡态并按http://sobereva.com/552介绍的处理，是否有明确的理由用前者而不是后者？

选择DFTB的理论方法描述该化学反应，是仅考虑了计算速度还是严谨确认过其描述定性正确/定量准确？上述所有信息都决定了什么方法才是合理的模拟计算，导师经验或者文献报道的方案未必是最优的。

amber不支持化学反应力场吧，没办法实现你想要的氢转移过程的模拟
这个过程的自由能应该可以直接用DFT计算？

请参照http://sobereva.com/620提供该含钨原子体系的结构特征描述以及计算内容和目的（若要重复文献那也得提供出处），在此基础上大家可以提供更加先进或划算的软件与理论方法选用的建议，避免先入为主因过时资料或刻板偏见等给自己限定执行方案。