gromacs模拟蛋白质吸附在金平面，RMSD后期波动，我想问结构稳定了吗?

查看数: 374 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2025-9-5 10:13

本帖最后由十四~ 于 2025-9-5 10:14 编辑各位大神，金平面和蛋白质初始结构是我手动搭建的。我在跑蛋白质骨架RMSD过程中，发现前70ns还算稳定，70到100ns又开始波动。RMSD的值最大有2nm 这样子0到100ns能直接 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2025-9-6 16:30:24

liulai 发表于 2025-9-6 15:58
老师您好，想问一下我多跑了50ns，现在结果怎么样呢？

充分平衡了

liulai 发表于 Post on 2025-9-6 15:58:54

sobereva 发表于 2025-9-5 12:05
问题不大，虽然可以再跑50ns观望

G:\360MoveData\Users\Administrator\Desktop\图片1.png老师您好，想问一下我多跑了50ns，现在结果怎么样呢？

图片1.png (25.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

sobereva 发表于 Post on 2025-9-5 12:05:12

问题不大，虽然可以再跑50ns观望

liulai 发表于 Post on 2025-9-5 10:34:13

喵星大佬发表于 2025-9-5 10:32
算rmsd要看你对齐的谁

您好，我是作者，算rmsd两次都选择的是backbone

喵星大佬 发表于 Post on 2025-9-5 10:32:34

算rmsd要看你对齐的谁

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register