计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › gromacs计算聚合物与碳纳米管之后，如何分析得到接触面 ...

gromacs计算聚合物与碳纳米管之后，如何分析得到接触面积和结合能？

查看数: 349 | 评论数: 2 | 收藏 Add to favorites 1

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

xzeli

发布时间: 2025-9-5 11:07

正文摘要:

各位老师好，我想问一下gromacs计算这种聚合物与碳纳米管之后，如何分析得到接触面积和结合能？

回复 Reply

xzeli 发表于 Post on 2025-9-5 14:12:32

sobereva 发表于 2025-9-5 12:03
计算整体面积，与每个片段面积相减，然后除以2
定义能量组，得到模拟过程中片段间相互作用能随时间的变化 ...

谢谢社长回复。我还有一些疑问希望社长不吝赐教
关于接触面积，我有阅读社长《使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积》的帖子，想知道是用gmx sasa分别计算整体组和两个单体组的面积，还是分别计算A、B和AB复合物再进行面积呢
关于自由能计算，gromacs能够直接分析吗还是需要gmx_MMPBSA加AMBER Tools来协助分析呢
再次感谢社长回复

sobereva 发表于 Post on 2025-9-5 12:03:34

计算整体面积，与每个片段面积相减，然后除以2
定义能量组，得到模拟过程中片段间相互作用能随时间的变化，并取时间平均

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register