求助：Gromacs通过rdf计算配合物数量的问题

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发布时间: 2025-9-8 15:42

各位老师同学好，本人正在通过计算rdf进而计算对应原子对的配位数，了解到应该寻找一个个峰谷作为横坐标带入得到配位数，想向大家请教下，红色的rdf曲线的峰谷应该0.46附近的平台区，还是0.54附近的小波谷，或者是0. ...

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Changtx 发表于 Post on 2025-9-9 10:23:35

sobereva 发表于 2025-9-8 19:51
没有体系具体特征描述难以判断，非要说的话至少肯定不是0.54，0.65的可能相对更有意义

卢老师好，模拟的体系是有机溶剂NMP与SMAB，与HS-离子进行模拟，力场使用的是gaff力场，SMAB是以有机羧酸离子（COO-）的形式存在，红色的rdf是HS-中的S原子和SMAB中的一个氧原子。

sobereva 发表于 Post on 2025-9-8 19:51:51

没有体系具体特征描述难以判断，非要说的话至少肯定不是0.54，0.65的可能相对更有意义

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