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关于mdrun使用-pin on核心调度异常求助

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白也

发布时间: 2025-9-9 09:52

正文摘要:

cpu为双路Intel(R) Xeon(R) Gold 5220R CPU，单颗cpu有24个核心。一共48个核心，96线程。这是使用lscpu指令得到的信息，从给出的信息来看，0号cpu对应线程编号0-23,48-71；1号cpu对应线程编号24-47,72-95。 CPU M ...

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lmch 发表于 Post on 2025-9-10 10:07:39

装个slurm. map by socket
不过跑gpu没啥必要分ntmpi，ntmpi=1，omp=24/48，用一颗cpu足矣。
倘若支持，不装调度器，试试如下环境变量，
export OMP_NUM_THREADS=XXXXX（-ntomp值）
export OMP_PLACES=cores
export OMP_PROC_BIND=close

白也 发表于 Post on 2025-9-9 16:11:46

abin 发表于 2025-9-9 12:51
使用调度器

谢谢您，那这是因为系统层面有问题还是gmx设置有问题？这个调度器又该怎么使用吗？

abin 发表于 Post on 2025-9-9 12:51:05

使用调度器

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