KazusaT 发表于 2025-9-9 22:58
tau_p是压力耦合的时间常数，可以粗浅的理解为压力的变化速率，这个值对两个方向是一样的，不要像ref_p那 ...

好呢，谢谢您

wanwen 发表于 2025-9-9 20:40
谢谢老师对我的帮助。另外我在用NPT.mdp跑的时候出现：ERROR 1 [file npt.mdp, line 46]:
  Right hand  ...

tau_p是压力耦合的时间常数，可以粗浅的理解为压力的变化速率，这个值对两个方向是一样的，不要像ref_p那样设两次

sobereva 发表于 2025-9-9 11:45
用semiisotropic方式控压，否则z方向盒子尺寸没法合理调节

控温组别划分得那么细碎，有害无益。slab、蛋 ...

谢谢老师对我的帮助。另外我在用NPT.mdp跑的时候出现：ERROR 1 [file npt.mdp, line 46]:
  Right hand side '2.0 2.0' for parameter 'tau_p' in parameter file is not a real value
.mdp内容为：
pcoupl          = Berendsen
pcoupltype        =        semiisotropic
tau_p           = 2.0 2.0
ref_p           = 1.0 1.0
compressibility = 4.5e-5  4.5e-5
refcoord_scaling    = com
请老师指教。

用semiisotropic方式控压，否则z方向盒子尺寸没法合理调节

控温组别划分得那么细碎，有害无益。slab、蛋白以外应当当一个控温组。

没事甭写多余的fourierspacing        = 0.16