对于第一个问题，我觉得可以用rerun命令读取轨迹进行后处理计算，计算时用neigh_modify的exclude的关键词将不需要有相互作用的group之间的邻居列表排除，由此取消作用，得到指定group的能量。比如将体系分为water和other两个group，进行这样设置neigh_modify exclude group other other。这样就排除了，other组中原子之间的相互作用。但是other和water之间的相互作用是否要排除，就看你自己的取舍了，如果要排除则设置为neigh_modify exclude group other other exclude group other water。之所以可以这样做是因为，reaxff是通过邻居列表，计算原子之间的距离，进而计算键级，进而得到分子拓扑，进而计算键结能量，所以没有邻居列表，就什么能量也没了。如果上述方式有问题，敬请批评指正
第二个问题我不熟悉。