这不属于一般意义的分子对接。分子对接主要面向的是小分子和生物大分子，以及生物大分子之间的结合。
你应当用molclus做构型搜索获得最理想的分子间结合方式。对于图中所示体系，建议以以跑动力学的方式产生traj.xyz。

分子对接实际上就是设定一个gridbox把分子放进去，要做是可以的。就是把分子B和A用monte carlo/genetic algorithm等方法放在一起的工具。

不过Scoring function不少是train on protein的，因此根据software不同那分数未必有意义，除非是纯粹基于forcefield的 scoring。

而且放一起后最好再用qm或MD方法relax算能量。