本帖最后由 beefly 于 2024-8-18 12:04 编辑 冰释之川 发表于 2017-4-18 13:01 nwchem判断基组线性依赖的默认阈值是1.0e-5。由于sodft不支持消除冗余积函数的算法，这么高的阈值显然不适用。可以用手册里没有讲的一个命令降低阈值。根据出错信息里的“Smallest S eigenvalue”，假如此值在1.0e-8以上，可以用 set lindep:tol 1.0e-8 但是如果出现更低的特征值，降低阈值的做法就不保险了，可能会带来其他问题，比如scf不收敛。 |
funyboy 发表于 2023-12-2 21:11 可以 看手册就完了 |
| 老师，您好，第3步高精度的考虑标量相对论的单点，还是在gaussian算的吧？是不是也可以在NWchem计算？但是不知道NWchem中CCSD(T)单点计算的输入文件怎么写？ |
sobereva 发表于 2023-9-21 01:44 好的，谢谢sob老师 |
funyboy 发表于 2023-9-20 16:29 这是我当时的输入输出文件，对照着看吧。也没准是版本问题 
Tl.nw
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Tl.out
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并行计算重现性问题见下文的讨论。重现性过差可能是程序本身问题，也可能是编译问题，可以咨询开发者 数值误差对计算化学结果重现性的影响 http://sobereva.com/88 |
老师，您好，早上在群里咨询您的我单独算Tl的时候每次结果不一样，
经您提醒关闭并行，能重复了，结果是：Total SO-DFT energy = -172.724904317135，与您算出的结果是Tl=-172.724034492809差别比较大。 1、我把输入文件和计算结果上传，请您帮我分析一下问题出在哪里，是不是我输入文件编写有问题？ 2、请问如何解决多核并行结果不能严格重现的问题？ 谢谢 
NWChem_SODFT.rar
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本帖最后由 冰释之川 于 2017-4-18 13:03 编辑 sobereva 发表于 2017-4-15 19:20 问题解决了，是Linear dependencies的锅： Unfortunately, the spin-orbit code does not correctly handle the linear dependencies associated with your case. The work-around is to add the line
看来NWChem 做SODFT没法处理基函数的线性相关问题，会报错。 |
冰释之川 发表于 2017-4-15 14:37 核数设少点，内存给大点再试 |
sobereva 发表于 2017-4-15 13:40 我这边测试了 把其它元素改成def2-SVP，能够正常迭代。奇怪的是就是设置成def2-TZVP，两分钟后就歇菜了。我memory total 1000 mb 开的是4个逻辑核。 |
冰释之川 发表于 2017-4-15 12:21 由于def2-TZVP耗时太长，我把其它元素改成def2-SVP，把print low去掉，已经能正常开始迭代了 另外建议用memory关键词把内存设大一些，默认的很小。 |
sobereva 发表于 2017-4-14 20:49 现在测试下来，就该输入文件没法跑SODFT（如果跑DFT能跑），感觉应该是程序问题？不知道Sob老师能协助测试一下，大概2分钟内报错 |
冰释之川 发表于 2017-4-14 13:12 如果输入文件只提交一个能跑，同时提交两个没必然性导致出错，不过物理核心只有四个，提交两个4核并行的任务效率肯定很烂 |
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本帖最后由 冰释之川 于 2017-4-14 13:25 编辑 ga_orthog: hard zero 1093 ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ current input line : ga_orthog: hard zero 1093 ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ current input line : ga_orthog: hard zero 1093 ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ current input line : ------------------------------------------------------------------------ ga_orthog: hard zero 1093 ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ current input line : 129: task sodft ------------------------------------------------------------------------ ------------------------------------------------------------------------ This error has not yet been assigned to a category ------------------------------------------------------------------------ 这个报错是指MPI并行问题吗？因为我们服务器每个机子是四核八线程，难道同时提交两个任务，每个任务个逻辑4核会导致任务break down吗？
Ben_2Te_SODFT.rar
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