xtb优化后isotat优化不合理

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发布时间: 2025-9-17 16:09

我对基于Y6的二聚体进行构象搜索，在服务器使用crest调用xtb来优化，分别在GFN0-xTB级别、GFN2-xTB级别，在GFN2-xTB级别进行完之后用isostat进行优化去重排序，有一些不应该连在一起的两个原子有了键，这个是为什么 ...

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CQQ@ 发表于 Post on 2025-9-18 16:34:26

好的谢谢

sobereva 发表于 Post on 2025-9-18 02:44:48

仔细看下文，搞清楚VMD怎么判断的成键关系便知。是对于xyz第一帧判断的
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

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