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模拟多肽电荷问题

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wanwen

发布时间: 2025-9-18 20:20

正文摘要:

您好。卢老师，我目前正在通过Gromacs来模拟水溶液中的无序多肽histatin 5（24个氨基酸）,遇到问题如下：下图是文献里中性下残基带电情况，绿色，白色残基不带电，红色带正电，蓝色带负电，故而总电荷为+5。我的模型 ...

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wanwen 发表于 Post on 2025-9-24 14:47:25

sobereva 发表于 2025-9-24 03:54
怎么处理和你用的力场有关
GROMACS自带的AMBER目录下的rtp直接定义了位于链中间和末端的残基，如果是GRO ...

嗯好的，非常感谢老师您

sobereva 发表于 Post on 2025-9-24 03:54:03

wanwen 发表于 2025-9-23 22:50
好的谢谢卢老师，我想再请教一个问题，似乎力场里的.rtp文件里关于原子名称的命名都是脱水缩合后的原子的 ...

怎么处理和你用的力场有关
GROMACS自带的AMBER目录下的rtp直接定义了位于链中间和末端的残基，如果是GROMOS等力场，aminoacids.c.tdb和.n.tdb文件分别定义了对碳端和氮端残基怎么处理。先把pdb2gmx的规则搞清楚

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）幻灯片：

wanwen 发表于 Post on 2025-9-23 22:50:52

enthalpy 发表于 2025-9-19 18:35
D1 由于处于N端, 其中NH3带正电，因此D1的净电荷是0。又必要指出的是His的等电点在pH6 附近，因此还有考虑 ...

嗯嗯，非常感谢您

wanwen 发表于 Post on 2025-9-23 22:50:15

sobereva 发表于 2025-9-19 00:45
不同程序判断的带电情况往往不同，如果文献里的质子化状态依据充分，不是臆测的，模拟时候就按那样的质子化 ...

好的谢谢卢老师，我想再请教一个问题，似乎力场里的.rtp文件里关于原子名称的命名都是脱水缩合后的原子的名字，我这个多肽的两端分别都是质子化后的，对于N基上多余的两个H,我直接命名为HA，对于C基上多余的氧,我直接命名为O,请问这样可以吗

enthalpy 发表于 Post on 2025-9-19 18:35:54

D1 由于处于N端, 其中NH3带正电，因此D1的净电荷是0。又必要指出的是His的等电点在pH6 附近，因此还有考虑溶液pH值。

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wanwen	+ 3	谢谢

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sobereva 发表于 Post on 2025-9-19 00:45:19

不同程序判断的带电情况往往不同，如果文献里的质子化状态依据充分，不是臆测的，模拟时候就按那样的质子化态模拟。否则按pdb2pqr给出的

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wanwen	+ 3	谢谢

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