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发布时间: 2025-9-20 17:39
正文摘要:请教各位大佬，不知道到底为什么，已经试着跟官网走过一遍了，蛋白质应该没有问题没有二硫键也没有其他东西就是对单一蛋白进行模拟。 第一个问题是，模拟完的文件，导入vmd完全看不到东西 ... |
student0618 发表于 2025-9-20 19:14 好的谢谢，我再去试试 |
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1. 有可能是轨迹大小问题，试试只加载几个frame看？Amber其实也很建议输出nc轨迹而非巨大的文本型mdcrd 2. GaMD是boost体系的potential，请说明具体需求。要的是否特定目的的GaMD 如LiGaMD/LiGaMD2/pep-GaMD/PPI-GaMD? 3. 这个有些多余哦，Amber自带的tleap已可以直接预备力场文件，之后再跑EM。 |
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