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发布时间: 2025-9-23 19:03
正文摘要:本帖最后由 DFT.. 于 2025-9-24 11:46 编辑 各位老师，我目前在做与大环分子葫芦脲（CB[n]）相关的主客体间弱相互作用的分析工作。我想看一下引入CB[7]前后，参与反应的两片段间能量变化情况，于是打算做能量分解 ... |
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感谢sob老师的回复！ |
DFT.. 发表于 2025-9-24 22:24 是 不需要 |
sobereva 发表于 2025-9-24 22:10 老师，如果是前者的话，只需要将苯环和乙烯抠出来并加氢饱和，保存为sobEDA所需的.xyz文件就可以了吗？将苯环和乙烯抠出来并加氢饱和的结构不需要再做结构优化了吧？ |
DFT.. 发表于 2025-9-24 11:48 我不知道你是只需要研究苯环和乙烯之间的相互作用，还是下图红蓝两个片段间总的相互作用。如果是前者，应当把苯环和乙烯部分抠出来，边缘用氢饱和，当成两个闭壳层片段来算。如果是后者，fragment.txt里第二个片段的自旋多重度必须设成-2，并且不建议开counterpoise（iCP=1），见《计算化学键键能时以counterpoise方式考虑BSSE不仅是多余的甚至是有害的》（http://sobereva.com/381）。 
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sobereva 发表于 2025-9-23 23:24 老师，当前结构的确是D-A加成的过渡态（分子内DA反应），sobEDA的输入文件及分解结果我重新上传到附件了，麻烦老师再看一下(原先附件中的“能量分解结果”图有错误，最新的附件里做了更正) |
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EDA-FF的结果严重取决于力场和片段的划分。没有计算细节，包括结构的来源（是否优化过）、怎么选择的原子类型、每个片段具体包含哪些原子（精确到所有原子序号），没法说xrep那项为什么那么高。 而且你当前的结构貌似是D-A加成过渡态，EDA-FF完全不适合这种情况。sobEDA此时可以用，但没有提供任何相关文件没法判断结果合理性 |
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