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QM/MM计算有机分子优化结构出现Atoms too close怎么解决？

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小白

发布时间: 2025-9-25 01:39

正文摘要:

大家好，小白一枚，这是我利用QM/MM计算有机分子优化结构的输入文件

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小白 发表于 Post on 2025-9-25 17:33:26

wal 发表于 2025-9-25 14:37
如果你实在想看看把四倍数量原子挤在一坨能给优化出什么克苏鲁产物，有这几种办法
方法1：删掉geom=conn ...

谢谢wal老师，发现问题了，应该是cif文件的问题，这个cif文件不是最终晶体文件，是其未精修的草稿或错误版本

wal 发表于 Post on 2025-9-25 14:37:30

小白发表于 2025-9-25 14:33
嗯嗯，谢谢wal老师，我再试试，我也是第一次做oniom计算我再检查检查。
还有一个问题，需要请教一下 ...

如果你实在想看看把四倍数量原子挤在一坨能给优化出什么克苏鲁产物，有这几种办法
方法1：删掉geom=connectivity以及坐标后面的键连关系，写上geom=nocrowd
方法2：geom=(connectivity,nocrowd)

但我估计这个任务九成九跑不起来会有各种各样的问题

小白 发表于 Post on 2025-9-25 14:33:48

wal 发表于 2025-9-25 13:26
你检查一下是不是坐标多复制了几份. 一个苝32原子一层大概10个三层加一起也就1k原子左右而你这个gjf统计 ...

嗯嗯，谢谢wal老师，我再试试，我也是第一次做oniom计算

我再检查检查。
还有一个问题，需要请教一下，“用geom=nocrowd关闭这个检查”，意思是直接用“geom=nocrowd”代替gif文件里的“geom=connectivity”吗？

wal 发表于 Post on 2025-9-25 13:26:03

本帖最后由 wal 于 2025-9-25 13:35 编辑

你检查一下是不是坐标多复制了几份. 一个苝32原子一层大概10个三层加一起也就1k原子左右而你这个gjf统计出来将近4k原子而且明显能看到标号都是重叠的怀疑你坐标多复制了两三份
这种情况你geom=nocrowd关掉检查属于饮鸩止渴高斯会告诉你什么叫CPU喝大了的优化轨迹

另外这个不是正儿八经的QM/MM 混用称呼不太好建议改为oniom(QM:MM)

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