纯蛋白模拟结束后数据分析问题平衡起点怎么选取：RMSD/Rg/氢键变异系数低但整体单调

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发布时间: 2025-9-26 21:40

各位老师好，我目前是纯蛋白质模拟，是四聚体，模拟了120ns，70ns-120ns整体的相对变化值较低，标准方差比平均值都在5%以内，但是整体来看是单增或单减的，没有上下回落。这是为什么啊，还没有达到平衡状态吗，还是 ...

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nnnnnn 发表于 Post on 2025-9-27 08:29:39

sobereva 发表于 2025-9-27 02:25
对后期每隔10-20 ns取一帧，在VMD里做align，绘制成结构叠加图便知道是什么情况，如果确实未平衡可以解释是 ...

好谢谢老师，我试一下

sobereva 发表于 Post on 2025-9-27 02:25:34

对后期每隔10-20 ns取一帧，在VMD里做align，绘制成结构叠加图便知道是什么情况，如果确实未平衡可以解释是什么形式的结构变化导致的。可以再跑50 ns观望

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