wzkchem5 发表于 2025-9-27 22:56
我说的是不考虑蛋白环境基本无法发表。如果簇模型里面底物周边一层残基都考虑了，那还是可以接受的。只考 ...

受教了，谢谢老师。

2429783189 发表于 2025-9-27 18:07
想请问老师，sob老师这篇博文（http://sobereva.com/597）里提到的簇模型算蛋白质也难发表嘛？

我说的是不考虑蛋白环境基本无法发表。如果簇模型里面底物周边一层残基都考虑了，那还是可以接受的。只考虑直接参与催化反应的活性残基，而不考虑那些只和底物有非共价相互作用的残基，是有很大问题的，反正如果我是审稿人我肯定不给过，会要求作者证明不考虑蛋白环境造成的误差可以忽略

wzkchem5 发表于 2025-9-27 16:34
那老老实实用QM/MM吧，这种电子结构一点也不复杂、体系也不大的情况，不考虑蛋白环境如今基本已经没法发 ...

谢谢回复，QM/MM这一部分还没有开始看，后面找时间抓紧学学。

wzkchem5 发表于 2025-9-27 16:34
那老老实实用QM/MM吧，这种电子结构一点也不复杂、体系也不大的情况，不考虑蛋白环境如今基本已经没法发 ...

想请问老师，sob老师这篇博文（http://sobereva.com/597）里提到的簇模型算蛋白质也难发表嘛？

Llight 发表于 2025-9-27 13:09
抱歉前面忘记说了，是使用团簇模型模拟酶催化。

那老老实实用QM/MM吧，这种电子结构一点也不复杂、体系也不大的情况，不考虑蛋白环境如今基本已经没法发表了

wzkchem5 发表于 2025-9-27 12:59
这是用团簇模型模拟酶催化吗，还是说实际的反应物就是乙酸根和对甲基苯酚？

抱歉前面忘记说了，是使用团簇模型模拟酶催化。

wal 发表于 2025-9-27 12:22
1. 当前反应看着不像基元反应，如果是分步来的那就不要瞎用qst3，能用ts就没有用qst3的必要
2. 优化初期不 ...

感谢您的指点，我先移除溶剂模型和非必要的 maxstep, scf 等参数，先在气相中计算看看。
基元反应的问题，我尝试分步去找一下过渡态，比如：先找碱夺质子的过渡态，然后再找关环和酸给质子的过渡态。谢谢，我尝试一下。

这是用团簇模型模拟酶催化吗，还是说实际的反应物就是乙酸根和对甲基苯酚？

1. 当前反应看着不像基元反应，如果是分步来的那就不要瞎用qst3，能用ts就没有用qst3的必要
2. 优化初期不要动maxstep，你maxstep减了优化步数相应就要多，然后又maxcyc把步数限120，那你肯定9999
3. 几何优化如无必要不要用smd
4. 如果没碰到scf问题，你当前写的scf相关的关键词一个也不用加

大概率不是基元反应
这个草稿莫名其妙给发出来了 多占了一层楼