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发布时间: 2025-9-27 22:58
正文摘要:本帖最后由 fhh2626 于 2025-12-23 10:56 编辑 NAMD自由能计算教程—2、用WTM-λABF进行炼金术自由能计算fhh2626 Updated in 2025/9/27 本文首发计算化学公社分子模拟板块，禁止转载。 注：截止2025. ... |
fhh2626 发表于 2025-12-23 09:59 谢谢付博士，了解了。 |
Lecly 发表于 2025-12-22 14:26 我觉得是LDDM更好。如果是相同条件下的模拟，那WTM-λABF更好（LDDM是基于FEP的），但是目前技术问题，WTM-λABF还实现不了LDDM那种简化的热力学循环 |
付博士好。请问，若计算小分子配体的绝对结合自由能，WTM-λABF和LDDM两种方法何者更优？看您对WTM-λABF优点的描述，是不是WTM-λABF要更好呢？谢谢付博士。 |
fhh2626 发表于 2025-12-9 11:08 谢谢付博！明白了，是我搞混了。。。 |
beyond 发表于 2025-12-2 19:16 这里是用TI的方法算偏置力，本身和TI、FEP没关系 |
| 参与人数Participants 1 | eV +5 | 收起 理由Reason |
|---|---|---|
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| + 5 | 谢谢 |
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alchType TI 这里用到的是TI的方法，自由能曲线与传统FEP曲线一致，不用积分，只看lambda 0 1的自由能差。 是不是在这里不管用TI还是FEP，最后得到的自由能曲线都是如此？ 谢谢付博！ |
| 这么好的方法，强烈建议考虑与LAMMPS和GROMACS结合，方便绝大部分科研工作者使用的同时，也能非常方便地结合机器学习力场使用。 |
谢林 发表于 2025-11-20 12:27 不能 |
| 大佬LAMMPS能使用么 |
enthalpy 发表于 2025-10-9 22:29 感谢感谢！ |
CrysW555 发表于 2025-10-3 12:34 gromacs 的plumed 也支持类似的算法： Alchemical Metadynamics: Adding Alchemical Variables to Metadynamics to Enhance Sampling in Free Energy Calculations Wei-Tse Hsu; Valerio Piomponi; Pascal T. Merz; Giovanni Bussi; Michael R. Shirts* 28, 2023 JCTC |
CrysW555 发表于 2025-10-3 12:34 应该是不行 |
| 您好，请问这个算法在gromacs中能否应用？ |
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