Sobtop生成AMBER原子类型磺酸基环糊精离子S原子指认不正确

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发布时间: 2025-10-2 20:05

本帖最后由 Infaltion 于 2025-10-2 20:08 编辑如题，本人为分子动力学小白，想要使用Gromacs的Amber力场，使用sobtop生成，但是我好像不太会写LJ_param.dat中的AMBER部分，此处S报错如图，环糊精分子的mol2文件 ...

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sobereva 发表于 Post on 2025-10-3 03:57:15

缺乏力场基本常识。普通有机分子毫无理由用AMBER力场而不用GAFF力场，仔细把http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ2看了

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