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网上公开的自由能/增强采样计算教程整理及主观简评

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student0618

发布时间: 2025-10-7 06:19

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本帖最后由 student0618 于 2025-11-19 17:17 编辑 (Working on English-to-Chinese translation slowly when I have time) 网上公开的自由能/增强采样计算教程整理及主观简评 (2025年10月)List of Freely Acces ...

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student0618 发表于 Post on 2025-11-19 10:13:34

Justin的旧FEP教程名字更改为Free Energy of van der Waals transformation，还终于加了个比较实际的Free Energy of Hydration 教程 (有VdW+Coulomb transform 不过用31个Lambda)

最近较忙没时间细看及测试，如果发现问题请通知我。

居然还有个Coming soon的Binding free energy (of protein-ligand complex) 但没说方法，先观望一下，如果是ABFE再放。

student0618 发表于 Post on 2025-11-3 11:57:12

本帖最后由 student0618 于 2025-11-3 12:12 编辑

Daniel_Arndt 发表于 2025-11-3 11:34
plumed里面的REST2教程我之前用过 https://www.plumed.org/doc-v2.9/user-doc/html/hrex.html ，写得还行。

谢谢补充，已补上至第3.3.4节。

关键词List of abbreviations加上了 REST/REST1/REST2 Hamiltonian scaling in Replica Exchange with Solute Tempering

Daniel_Arndt 发表于 Post on 2025-11-3 11:34:22

plumed里面的REST2教程我之前用过 https://www.plumed.org/doc-v2.9/user-doc/html/hrex.html ，写得还行。

youyno 发表于 Post on 2025-10-8 05:51:56

添加一个我们课题组开发的用于自由能处理的Python程序ThermoLib。https://github.ugent.be/pages/lvduyfhu/ThermoLIB/index.html

Daniel_Arndt 发表于 Post on 2025-10-7 15:00:21

WESTPA的教程为什么更新工作做得比较好，估计跟Anthony Bogetti当时负责这事有关。他太nice了，他PhD defense时有人专门在open door session这个环节感谢他当年做助教时细致认真。

HNUST 发表于 Post on 2025-10-7 13:39:12

太好了，支持，为新手指引了道路，现在良莠不齐的教程太多了，是时候出个标准的了

jzeng 发表于 Post on 2025-10-7 08:33:53

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