Autodock对接，受体蛋白中有金属钼原子且属于辅因子，对接时显示有氧原子未成键

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发布时间: 2025-10-10 09:26

求助各位老师，我最近用Autodock 4.2.6做分子对接，受体蛋白黄嘌呤氧化酶（RCSB PDB: Homepage，编号：1N5X）中有金属钼原子且属于辅因子，位于活性位点，不可删除。对接步骤按照b站up主DS医学生的讲解进行，处理酶 ...

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student0618 发表于 Post on 2025-10-10 17:51:32

第三片雪花发表于 2025-10-10 17:10
我的短肽仅5、6个氨基酸残基，请问用哪种比较好呢？

各软件的优点缺点、使用条款应自己了解清楚再作选择。

非商业用途全都试其实也不难。

第三片雪花 发表于 Post on 2025-10-10 17:10:22

student0618 发表于 2025-10-10 12:10
首先Autodock不适合用作多肽对接，它不能处理好peptide bond。应找专门工具如CABS-dock, lightdock, HADDOC ...

我的短肽仅5、6个氨基酸残基，请问用哪种比较好呢？

第三片雪花 发表于 Post on 2025-10-10 17:07:32

我的短肽仅5、6个氨基酸残基，请问用哪种比较好呢？

student0618 发表于 Post on 2025-10-10 12:10:43

首先Autodock不适合用作多肽对接，它不能处理好peptide bond。应找专门工具如CABS-dock, lightdock, HADDOCK等，或直接用alphafold/boltz等。

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