gro文件扩胞的小脚本

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发布时间: 2025-10-14 13:13

本帖最后由 slxc920113 于 2025-10-14 14:12 编辑最近做一些纤维结构的分子动力学模拟，用packmol创建的结构不太满意，而且耗时太长。于是用了二种策略，第一种是直接计算聚合物链段的转动惯量，然后让主轴对齐 ...

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slxc920113 发表于 Post on 2025-10-14 14:12:55

student0618 发表于 2025-10-14 13:30
gmx genconf 也有类似的功能
https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-genconf.html

我知道，但是我需要扩胞的同时沿着两外两个矢量进行平移，形成密堆积的结构，所以最后还是自己写脚本完成了。

student0618 发表于 Post on 2025-10-14 13:30:06

本帖最后由 student0618 于 2025-10-14 13:39 编辑

gmx genconf 也有类似的功能
https://manual.gromacs.org/current/onlinehelp/gmx-genconf.html

e.g. editconf 定盒子大小及对齐polymer 轴及x/y/z轴，genconf扩胞。

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