跑完md后，轨迹文件中锂离子只是振动没有发生迁移

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发布时间: 2025-10-17 10:51

sob老师及各位大佬好，在使用gromacs对电解液模型跑分子动力学时遇到一个问题，恳请解答一下！电解液包含有4710个原子（其中包含有260个四氢吡喃溶剂分子、60个锂离子、50个双氟磺酰基酰亚胺阴离子、10个硝酸根离子 ...

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Wxh18130507355 发表于 Post on 2025-10-20 19:32:35

sobereva 发表于 2025-10-20 18:42
无所谓

好滴，谢谢sob老师！

sobereva 发表于 Post on 2025-10-20 18:42:46

Wxh18130507355 发表于 2025-10-20 10:11
请问sob老师，这个“给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作用”需要从一开始进行能量最小 ...

无所谓

Wxh18130507355 发表于 Post on 2025-10-20 10:11:36

sobereva 发表于 2025-10-17 17:52
NPT的模拟怎么能用Pcoupl = no

适当提升温度、给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作 ...

请问sob老师，这个“给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作用”需要从一开始进行能量最小化之前进行吗？还是说在跑完能量最小化之后，在跑NPT预平衡之前进行改系数也可以？

Wxh18130507355 发表于 Post on 2025-10-20 10:07:26

sobereva 发表于 2025-10-17 17:52
NPT的模拟怎么能用Pcoupl = no

适当提升温度、给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作 ...

感谢sob老师的回复!

这个md阶段我跑的是NVT系综，只是参数文件的名称没有改成NVT，好滴老师，我按照您说的试一下！

sobereva 发表于 Post on 2025-10-17 17:52:45

NPT的模拟怎么能用Pcoupl = no

适当提升温度、给所有原子电荷乘上一定小于1的系数如0.8来削弱静电作用，都可能导致Li+更容易动起来

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