王涛 发表于 2025-11-25 23:43 GFN0-xTB是量子化学方法，不是力场。注意用词的准确 尝试用GFN-FF力场，或者远比GFN0-xTB强的GFN2-xTB 温度太高的话就降低 |
王涛 发表于 2025-11-24 09:56 如果你要用气相的话，应该不会是质子化的形式 预测工具的话H++、CharmmGUI可以直接给出质子化后的结构 我不知道多肽是哪来的，如果你是从某个蛋白上截取了一段，为了更接近在蛋白中的状态要封端；如果就是正常的小肽就没什么封端的必要。 另外我还是觉得你要慎重考虑到底是不是气相。大部分情况下氨基酸在能以气体分子存在的温度就已经分解了。 |
KazusaT 发表于 2025-10-20 22:36 老师您好。您之前说有很多预测多肽质子化形式的工具，请问有哪些呢？可以推荐一下吗？我看到网上还有封端操作的，这一步需不需要考虑呢？ |
王涛 发表于 2025-10-20 20:58 气相的话可以直接用中性的多肽和氨气，虽然我不知道研究多肽的气相结构有什么意义。 |
KazusaT 发表于 2025-10-19 02:18 老师您好，那应该是先考虑质子化再进行动力学模拟；还是动力学模拟之后再考虑质子化呢？由于我做的是气体氨与多肽在气体环境中的结合，ph不像溶液环境中有一个确定的数值，这个问题应该如何考虑呢？ |
王涛 发表于 2025-10-20 09:37 肽和氨气一起跑动力学，此时肽的构象采样和二聚体的构型采样两个问题同时被考虑 |
sobereva 发表于 2025-10-17 20:48 老师，请问面对这种复合体系时，是应该肽单独构型搜索后，加上氨气再次构型搜索；还是直接肽—氨气复合结构进行构型搜索呢？ |
王涛 发表于 2025-10-18 09:53 很简单的道理啊，氨分子有碱性，羧基有酸性，正常情况下应当会发生酸碱反应变成铵离子和羧基负离子，这就是为什么氨基酸分子在中性条件下是内盐，你需要了解你的体系在你研究的pH下各个氨基酸残基是如何存在的。最简单的可以根据氨基酸等电点判断，也有很多预测多肽质子化形式的工具。 |
KazusaT 发表于 2025-10-17 20:52 谢谢您的回答！由于我是做材料出身的，对生物学领域的知识不是很了解，请问可以具体说一下吗？ |
sobereva 发表于 2025-10-17 20:48 谢谢您的回答！ |
| 而且你这个里面同时存在未电离的羧基和氨分子就很奇怪。。建议考虑好所用pH下多肽和氨的质子化形式 |
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这种体系绝对不是随便摆一个初猜结构就能拿优化的结果说事的。氨气结合的不同位点、氨气的不同朝向，都可以对应不同的极小点。必须做构型搜索 建议跑分子动力学采样，然后结合molclus筛选出自由能最低结构，参考 使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索 http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html Molclus主页 http://www.keinsci.com/research/molclus.html |
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