1 完全取决于能量极小化的目的。对于跑动力学目的，实测动力学跑起来不崩就行；对于得到尽可能理想结构、能量的目的，以及之后做振动分析的目的，emtol越小越好（为收敛到尽可能高精度，此时建议用双精度版）

2 用尽可能合理的方式构建模型（考虑盒子尺寸、质子化状态、溶剂中存在的物质）、恰当设置mdp、恰当设计模拟流程，以及选择尽可能适合的力场（如优先用目前精度顶级的AMBER19SB结合OPC水模型）

sobereva 发表于 2025-10-20 23:04
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，谢谢，我一定记住。

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “能量最小化” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

1 蛋白分子体系的 基本emtol设定到100 只要能小于这个数值就行，而且如果后面的npt可以正常进行不用能量极小化也可以
2 先保证蛋白质结构文件正确 步骤正确 合理，模拟的结果基本是可信的，也可以多次模拟

我的理解是能量最小化只要保证后面的模拟不会一开始就崩溃就可以吧